O Alien em si foi projetado para ser semelhante ao projeto original de H. R. Giger para a criatura do primeiro filme, incluindo a cabeça semitransparente com crânio visível por baixo. Os desenvolvedores alteraram o projeto Aliens para caracterizar pernas recurvadas em oposição às pernas mais humanóides que o monstro tinha no filme original, a fim de proporcionar ao Alien um ciclo de caminhada que iria realizar-se ao escrutínio durante longos encontros com o jogador.
O Alien emite vocalizações que o jogador pode ouvir para ganhar a compreensão de suas intenções atuais; um grito pode indicar que a criatura está prestes a atacar, enquanto outros sons podem indicar que o Alien tenha visto alguma coisa, está pesquisando ou perdeu todos os vestígios de sua presa.
Alien: Isolation possui um motor de som dinâmico, que faz com que os efeitos de áudio e música mudem de forma apropriada com base nas ações dos jogadores, como se eles estivessem se escondendo ou fugindo do Alien.
Em vez de seguir um caminho predeterminado, a inteligência artificial do Alien foi programada para caçar ativamente o jogador por visão, audição e olfato. O Alien I.A foi idealizado com um complexo conjunto de projetos comportamentais, que desbloqueiam progressivamente à medida que incentiva o jogador a criar a ilusão de que o Alien está aprendendo com seus encontros com o mesmo, e ajustando a sua estratégia de caça de forma adequada. Isso inclui a capacidade para o Alien de investigar "fontes secundárias" perturbadoras; por exemplo, se percebe que um armário ou bloqueio de ar está aberta, o Alien vai procurar quem abriu. A inteligência Artificial desta criatura, do Xenomorfo de Alien Isolation, é considedara uma das melhores e mais bem feitas.